Savez samostlanih sindikata za više opština Leskovac strukturiran je kao organizacija ustanovljena na granskom i teritorijalnom principu organizovanja.

U okviru Saveza samostalnih sindikata za više opština Leskovac, organizovano je osam gradskih odbora sindikata – granskih, strukovnih kao i odbor sindikata kod poslodavaca, te pet povereništva na teritoriji opština Jablaničkog upravnog okruga (Lebane, Medveđa, Bojnik, Vlasotince i Crna trava). Odlukom Veća, opredeljeno je da se u sedištvu Saveza samostalnih sindikata za više opština Leskovac ne formira posebno povereništvo već da funkcioneri i Služba Saveza obavljaju poslove povereništva u Leskovcu.